波士顿学院共设有以下学院：
1. 文理学院（College of Arts and Sciences）
2. 商学院（School of Management）
3. 教育学院（School of Education）
4. 护理学院（School of Nursing）
5. 社会工作学院（School of Social Work）
6. 法学院（School of Law）
7. 研究生院（Graduate School）
8. 神学院（School of Theology）
9. 高级研修学院（Advanced Studies）
10. 艺术学院（College of Fine Arts）
11. 传播学院（College of Communication）
12. 牙医学院（Goldman School of Graduate Dentistry）
13. 工学院（College of Engineering）
14. 公共卫生学院（School of Public Health）
15. 酒店管理学院（School of Hospitality Administration）
16. 美术学院（College of Fine Arts）
17. 基础研究学院（Graduate School of Arts and Sciences）
18. 健康与康复科学学院（School of Health and Rehabilitation Sciences）
19. 都市学院（Metroplitan College）
20. 管理学院（School of Management）
21. 医学院（School of Medicine）
22. 公共健康学院（School of Public Health）
23. 社会服务学院（School of Social Work）
24. 神学院（School of Theology）
25. 酒店管理学院（School of Hospitality Administration）
26. 研究生院（Graduate School）
27. 高级研修学院（Advanced Studies）
28. 文理学院研究生院（Morrissey College of Arts and Sciences - Graduate）
这些学院提供本科和研究生课程，并拥有较强的教学水平和一流的科研能力。
