日本大学排名较低的原因是多方面的，主要包括以下几点：
规模较小：
日本大学的规模普遍较小，学生和教师人数相对较少，导致每年发表的论文数量较少。
国际化不足：
日本大学在国际化方面动力不足，国际教师和国际学生占比较低，这在一定程度上影响了排名。
论文输出不足：
日本大学偏重职业训练，学术论文输出较少，且多用日语撰写，向国际刊物投稿的频率较低。
研究能力下降：
与海外大学相比，日本大学在创造研究环境和培养学生及年轻研究人员方面存在资金和财政上的差距，导致研究能力下降。
资金不足：
日本国家教育预算占国内生产总值的百分比较低，影响了大学的科研经费投入和基础设施建设。
排名指标局限：
一些国际排名规则存在不合理之处，例如仅限于评议英文论文，或是偏重理科论文的引用次数，使人文社科类专业较多的日本大学处于不利地位。
语言障碍：
日本大学以日语授课，这限制了国际学生和教授的参与，论文也多以日语撰写，不利于国际交流和认可。
教育体系和学术研究的自我定位：
日本高校相对保守，不太重视排名，且国内大学分档而非排名，这可能也影响了国际排名的评估。
综上所述，日本大学排名较低的原因是多方面的，涉及规模、国际化、论文输出、研究能力、资金投入、排名指标以及教育体系等多个层面。尽管如此，这并不意味着日本大学的教育水平下降，而是排名体系的局限性和某些客观因素的影响所致。
